項目背景

生物(wù)信息學(xué)（序列搜尋比對分(fēn)析）

計算為(wèi)整數計算，基本無浮點計算； 計算的主要特點為(wèi)頻繁的load 和write（内存的讀寫），意味着需要較大的内存容量和内存帶寬， 需要直連架構CPU；網絡的壓力不大，用(yòng)最高性價比的千兆網，而不需求使用(yòng)具(jù)有(yǒu)較高價格的Infiniband高速網。

分(fēn)子動力學(xué)

主要是浮點計算為(wèi)主 ，非常适合大規模并行，但是對網絡需求比較大，節點間需要使用(yòng)低延時，高帶寬的Infiniband高速網。

分(fēn)子對接（藥物(wù)設計）

計算量非常大，消耗計算機時很(hěn)多(duō)；網絡的性能(néng)要求不高，擴展性主要看看配體(tǐ)小(xiǎo)分(fēn)子的數量和它們計算規模的均勻性。

測序儀離線(xiàn)處理(lǐ)

相比計算量，存儲容量需求更大；作(zuò)業運行需要與作(zuò)業調度系統結合； 測序離線(xiàn)處理(lǐ)往往有(yǒu)序列拼接的需求,目前最主流的序列拼接軟件denovo為(wèi)多(duō)線(xiàn)程程序,單節點内存容量需求非常大,往往需要達到256G甚至512GB,需要配置大容量内存SMP胖節點。

電(diàn)子顯微鏡圖象處理(lǐ)

主要為(wèi)浮點計算,其中(zhōng)大量的單精(jīng)度FFT計算；軟件加速比完全線(xiàn)性,對網絡依賴低； 軟件内存需求和IO需求較大,一般需要配置并行文(wén)件系統； 系統計算量大，計算時間長(cháng)，系統穩定性，可(kě)靠性要求高。

質(zhì)譜儀原始資料處理(lǐ)

軟件加速比接近線(xiàn)性,對網絡依賴低；系統計算量大，計算時間長(cháng)，系統穩定性，可(kě)靠性要求高。